在百家争鸣时代，儒只是“一家之言”，因而名为“儒家”。当《论语》被编辑出来的时候，本身就有一些矛盾之处，表明孔子的弟子及再传弟子对他的思想已有歧见，从而为儒学的派别之争埋下了伏笔。孟子和荀子分别基于“性善论”和“性恶论”的解读，对后世儒教与儒学分裂乃至分道扬镳起着直接的肇端作用。从汉武帝时期的董仲舒开始，为统治制度提供思想支持的官方儒教与作为传统文化主脉的民间儒学，正式开始背道而驰，渐行渐远。
后世儒学的分裂之源，正在于“吾道一以贯之”。短短六个字，就有“道”“一”“之”三字令后世莫衷一是。“道”是道路、道理还是道统？“一”是不是指“仁”？“之”是虚词还是实词，若是实词，指代何物？曹魏刘勰《文心雕龙·神思》即有“意翻空而易奇，言征实而难巧也”之说，孔子学说亦不例外，加之“因材施教”，弟子资质不同，各有体悟，再传之下，鲁鱼亥豕在所难免。
孔子并不像有些人所攻击的那样是趋附之辈，他以“巧言，令色，足恭”为耻，不掩饰自己的缺点，连“反对派”长沮、桀溺的奚落，也被记入《论语》。所以，子贡说：“君子之过也，如日月之食焉。过也，人皆见之；更也，人皆仰之”。孔子在赞美三代之乐《韶》“尽美”“尽善”的同时，又说武王之乐《武》“尽美矣，未尽善也”，明显是对当朝（周）开国君主的不满。这种批判精神也体现在“微言大义”的春秋笔法上。他对弟子发出了“女为君子儒，无为小人儒”的告诫，似乎已料到，后人会以此自我标榜和互相指责。
孟子并非惯常人们所认为的腐儒，他身上充满了上承孔子的质疑精神。他坚持“性善论”，顺着子贡为纣王辩白的话头——“纣之不善，不如是之甚也，是以君子恶居下流，天下之恶皆归焉”，接着说“尽信书，则不如无书。吾于《武成》，取二三策而已矣”，明显是怀疑周武王及其后人在有意“抹黑”殷纣王，难怪其“民为贵，社稷次之，君为轻”的言说为后世帝王所不喜。从博采道家、法家等众家之长的孔子出发，到孟子已隐隐接近于黄老之学；荀卿则执定“性恶论”，认为“法者，治之端也”，明显有向法家靠拢的倾向。荀子的弟子韩非、李斯为统治者谋划时则全面倾向于法家。当然我们不能就此说荀子支持官方的儒教，而孟子支持民间的儒学。因为历代统治者取儒家为己所用，只取对巩固统治有利的部分，使之“居庙堂之高”，全不管荀孟之分；剩下的让统治者内心隐忧的部分，就只能“处江湖之远”，在民间顽强生长了。
秦亡汉兴，不甘于仅为百家之一的儒家弟子，尝试使其成为主流并主导当时的社会生活，其方向就是儒学的宗教化和官方化。儒学最早接近宗教意味，是由汉初叔孙通预备，董仲舒建功的。汉武之后儒术得以独尊，向官方靠拢的儒家弟子成了正式的儒士，东汉的许慎更将儒士解读为“术士”，其中原因应与儒士以承天道、执教化为己任，构建教化之国的政治理念有密切关系。历览此后的中国史，无论是政治建制、刑律法条，还是伦理规范、行为模式，无不打上了儒教的烙印。两汉时期，儒术独尊后的宗教化，使其成为神圣不可侵犯的绝对真理，从而造成了思想僵化，发展到极致，催生了经学，遂有今古文之争，把政治与学术交杂在一起，除遍注群经的集大成者郑玄等为后人留下宝贵的文献学遗产外，亦带来诸多消极影响。
儒术纵身跃向统治者怀抱的同时，儒学并未湮没。太史令的职责是修官史，但刑余之人司马迁，秉承《春秋》笔法在《史记》中记载刘邦“好酒及色”，为孟子“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”的大丈夫形象作了注。备受挤压的儒学，甚至从战国秦《吕氏春秋》和汉初《淮南子》诸家并存的局面中得到启发，借东汉中期道家向道教转化之时，向道教第一部经书《太平经》渗透。《太平经》“一衰一盛，高下平也；盛而为君，衰即为民”的思想，与孟子民贵君轻思想的传承性一望可知；而其“兴国广嗣”之说，实际是儒学孝道学说在民间思想中的真实反映，也因之在民间得到广泛传播。
魏晋南北朝以迄隋唐，儒教先借九品中正制巩固士族地主的儒士地位，后为吸收新鲜血液，又代之以科举制，将庶族地主和其他阶层的知识精英批量转化为儒士。科举制对于官方治理的意义如此显著，以致唐太宗得意之情溢于言表：“天下英雄尽入吾彀中矣。”科举制是个里程碑，以之为标志，官方主流的通道得以打开，儒术正式演变为事实上的儒教。
而儒学，在魏晋时期通过与道家的握手而宣示对当权者的不合作，开始推崇“三玄”——《老子》《庄子》和《周易》。易所包含朴素的唯物主义和谶纬之学元素都得到极大的发挥。但玄学是儒不是道，玄学家们所尊敬的最大圣人依然是孔子。而汉明帝时始入中国的佛教，于南北朝至隋唐间也充分与民间儒学交融。儒释的交融，也使之产生了完全中国化的禅宗、天台宗和华严宗。而比韩愈等人更具反抗精神的李白、杜甫等，将《诗经》的兴观群怨传统发扬光大，其光芒穿透时空照耀至今。
自宋至明，儒教借越来越成熟的科举制进一步巩固了“居高声自远”的地位，却也难以防止日渐僵化成为埋没人才的残酷机器；与此同时，儒释道的进一步融合成就了新儒学。儒教也不得不开始向儒学寻找营养。周敦颐实是二程的老师和朱熹的师祖，不过他一生不得志，经历民间风雨，成就了在儒学上的地位。读《爱莲说》的人，只要了解这种植物对佛教徒的意义，就不难理解其思想渊源；而其《太极图说》，无疑是对道教吸收之后的产物。邵雍的象数之学，部分源于谶纬，部分代表科技，整体上又是民间儒学智慧的一部分。到了陆九渊，更是极为大胆地向已具神圣意味的“六经”发出挑战，提出“六经注我，我注六经”。必须特别指出的是，研究者们往往忽视儒学的另外一脉——有“醉翁之意不在酒”的欧阳修，有坚持“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的范仲淹，更有不阿王安石不附司马光、“常行于所当行，常止于不可不止”的苏轼等。
有宋一代，最能代表儒教的，是二程、朱熹的理学。二程认为，理是宇宙的本体、万物的本质，“天下物皆可以理照”。朱熹则进一步提出要“革尽人欲，复尽天理”。程朱认为，理规定着自然和社会的本质，它同时也是仁义礼智之理，其主要内容即三纲五常。到了明朝，王阳明作为儒教的另一代表，传承的却是陆九渊的儒学一脉，“心即理也”，“求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也”，这些与禅学“呵佛骂祖”相类的语言，在程朱一派看来，简直是大逆不道。因而，阳明本人是儒教的代表，那些提倡“赤子之心”的后学，以及再传弟子中的封建叛逆李贽等人，则应归入儒学范畴。
清朝借僵化的儒教实行文化专制，使得不少学者埋首故纸堆，以校雠训诂为主的“小学”发达，民间儒学则由顾炎武、黄宗羲、王夫之等所坚守传续。同时，由元末明初以迄清末，更接近底层的儒学中，孕育出了《水浒传》《西游记》《红楼梦》等被儒教视为“诲淫诲盗”、却广受百姓欢迎的四大名著。其后，面对西方文明的冲击，康有为以《新学伪经考》《孔子改制考》等重新解读孔子，目的是使儒教成为国教。他上书光绪，要求借鉴基督教之制立儒教为国教，在各乡各镇建立孔庙，规定每逢星期天在孔庙举行祭典……正所谓物极必反，反康最烈的，恰是其得意门生梁启超。他在变法失败逃亡日本后认真反思，反过来成了民间儒学的代言人。五四运动将以“吃人的礼教”为核心的儒教付之一炬，而儒学则如凤凰般在火中涅槃，成为值得继承弘扬的传统文化精髓。（赵鹏璞 郑州大学历史学院）
